O Códice Vaticano originalmente continha uma cópia quase completa da Septuaginta, faltando apenas 1-4 Livros dos Macabeus e a Prece de Manassés. As 20 folhas originais com o Gênesis 1:1–46:28a e o Salmo 105:27–137:6b foram perdidas e foram transcritas posteriormente por um escriba no século XV. Os versículos de II Reis 2:5–7, 10-13 também foram perdidos por causa de um rasgo em uma das páginas. A ordem dos livros do Antigo Testamento no códice é a seguinte: De Gênesis até II Crônicas está na ordem normal, após isso a ordem é a seguinte: 1 Esdras; 2 Esdras (Esdras-Neemias); os Salmos; Livro dos Provérbios; Eclesiastes; Cântico dos Cânticos; Jó; Sabedoria; Eclesiástico; Ester; Judite; Tobias; os profetas menores de Oséias até Malaquias; Isaías; Jeremias; Baruque; Lamentações e a Epístola de Jeremias; Ezequiel e Daniel. A ordem dos livros é diferente da do Códice Alexandrino.
O Novo Testamento existente no códice Vaticano contém os Evangelhos, os Atos dos Apóstolos, as Epístolas católicas, as Epístolas paulinas e a Epístola aos Hebreus (até Hebreus 9:14); faltando a Primeira Epístola a Timóteo, a Segunda Epístola a Timóteo, a Epístola a Tito, a Epístola a Filemon e o Livro do Apocalipse. Estes livros ausentes foram complementados no século XV (fólios 760–768) e catalogados separadamente como sendo o códice minúsculo 1957. Possivelmente alguns livros apócrifos do Novo Testamento foram incluídos no fim (tal como nos códices Sinaiticus e Alexandrinus) e também é possível que o Apocalipse também não tenha sido incluído.
